台灣並未有規範性別變更的相關「法律」，目前戶政機關處理民眾變更性別的申請，依據的是內政部2008年11月3日所發布的內授中戶字第0970066240號函釋見解，該函規定戶政機關受理性別變更登記之認定要件為：

申請女變男之變性者，須持經二位精神科專科醫師評估鑑定之診斷書及合格醫療機構開具已摘除女性性器官，包括乳房、子宮、卵巢之手術完成診斷書。

申請男變女之變性者，須持經二位精神科專科醫師評估鑑定之診斷書及合格醫療機構開具已摘除男性性器官，包括陰莖及睪丸之手術完成診斷書。

也就是說，在台灣若要變更法定性別，需要擁有「兩張精神科醫師診斷證明」，以及滿足「摘除原有性器官」兩項條件。此等嚴苛且不人道的條件，已經遭到性別與人權團體抗議多年，伴盟自2020年開始也正式透過司法訴訟進行挑戰，希望能夠取消「摘除原有性器官」這項侵害人權的強制規定，並在2021年9月的小Ｅ案獲得首次個案勝訴。

在小Ｅ案的判決書中，高等行政法院明確指出，內政部函釋在欠缺法律依據的狀況下，強迫人民必須殘害身體才能申請性別變更登記，違反法律保留原則，而且強迫手術嚴重侵害當事人身體健康完整、人格權與人性尊嚴，違反比例原則與平等原則，已屬違憲函釋。

法院同時也認為現行的性別登記制度，雖然是依個人出生時的身體外部特徵作為初步性別認定，但也有雙性（間性）等不能歸類為男女二元性別之情形；而且在個人成長過程中也會發展出自我性別認同，未必均與出生時之性別登記一致。此種性別不一致現象，並非病態，而是自由民主社會應接受的個人自主決定範圍；當個人性別歸屬穩定時，即可基於憲法資訊隱私權下的個人資料自主控制權，請求變更性別登記。

因此，法院拒絕適用違憲的內政部函釋，回歸到戶籍法與個人性別自主權的憲法權利保障，准許長期以女性身分生活的小E申請變更性別登記為女性。

伴盟認為目前政府僅以一只行政函釋處理性別變更登記此一涉及人民重大權利義務事項，不但因為欠缺法律授權而違憲之外，也導致實務上因規範過於簡陋，而在諸多醫療與行政處理環節上欠缺完整性、一致性以及足夠的可預測性，因此跨性別社群經常只能倚靠口耳相傳的經驗，判斷自身是否符合變更性別的條件，例如： 如果已婚有小孩，可以變更性別嗎?變更性別後對於婚姻與親子關係是否會有何影響？一個人可否變更性別兩次、幾歲可以變更性別、...等等不一而足的各種疑問。

上述若干疑問，實務上已發展出明確見解 (例如婚姻狀態及有子女均不影響性別變更登記的權利)，但其他仍有不少問題目前毫無規範，亦無確切答案。

另外例如已經在國外進行手術的跨性別者，或是在國外已經變更性別者，當事人回台後仍被要求必須取得兩張精神科診斷證明才能變更性別，其合理性也受到跨性別群體的挑戰...，凡此種種，均有賴未來能有較完整的法規予以處理和釋疑。

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