依照目前台灣的醫療慣例，跨性別若想進行賀爾蒙補充療法，需要先取得精神科醫生開立之性別不安診斷證明。
若是在醫學中心就診，例如：台大醫院、台北榮總、長庚醫院，在精神科就診時，可以和醫師討論是否轉介至內分泌科（或新陳代謝科、婦產科）進行賀爾蒙補充療法，醫師若評估合適就會開立轉診單；當然，當事人也可以選擇其他醫療院所進行賀爾蒙補充療法，不一定要在同一家醫院進行。
若是在區域醫院、地區醫院、一般診所的精神科門診就診，該醫療單位沒有可進行賀爾蒙補充療法的科別，可以洽詢精神科醫師是否有合作的內分泌科（或新陳代謝科、婦產科）醫師，若沒有，則可以自行查閱友善醫師名單，找到合適自己的醫師。
